本工程中心下设三个分支机构，六个专业实验室、一个中试车间， 一个整机性能试验场，由依托单位和共建单位按照国家发展改革委、河南省发展改革委的要求及公路养护装备国家工程研究中心的规划进行该机构的建设、运营和管理工作。具体如下：

公路养护装备国家工程研究中心交科院分中心：以公路养护装备标准规范及相关关键技术为主研究方向。依托共建单位：交通运输部科学研究院。

公路养护装备国家工程研究中心长安大学分中心：以公路养护技术装备、公路养护新材料、养护数字信息技术、公路养护施工新技术等基础理论及相关关键技术为主要研究方向。依托共建单位：长安大学。

公路养护装备国家工程研究中心中交西筑分中心：以沥青混合料再生装备及相关关键技术研究为主要研究方向。依托共建单位：中交西安筑路机械有限公司。

专业实验室：公路预防性养护装备实验室、多功能集成养护装备实验室、智能化控制实验室、路面检测装备实验室、材料加工装备实验室、新材料与施工工艺实验室，依托单位：河南省高远养护技术有限公司。

中试车间，依托单位：河南省高远养护技术有限公司。

整机性能试验场，依托单位：河南高远公路养护设备股份有限公司。